Gübrelerin bitkiler üzerinde hem olumlu hem de olumsuz etkileri olabilir. Büyümeyi teşvik etmek için gerekli besinleri sağlayacak şekilde tasarlanmış olsalar da, gübrelerin aşırı veya yanlış kullanımı çeşitli yan etkilere yol açabilir.
Potansiyel bir yan etki, bitkiler aşırı miktarda gübre aldığında ortaya çıkan besin yanmasıdır. Bu, bitkinin köklerinin hasar görmesine ve büyümenin durmasına ve hatta ölüme neden olabilir. Diğer bir yaygın yan etki, bazı besin maddelerinin aşırı kullanıldığı, bazılarının ise eksik olduğu besin dengesizliğidir. Bu, bitkilerde eksikliklere veya toksisitelere yol açarak genel sağlık ve üretkenliklerini etkileyebilir.
Ayrıca sentetik gübre kullanımının çevresel sonuçları da olabilir. Aşırı gübrelerden kaynaklanan akış su kütlelerini kirletebilir ve oksijen seviyelerini tüketen ve sudaki yaşama zarar veren alg çoğalmalarına katkıda bulunabilir. Dahası, uygun toprak yönetimi uygulamaları olmadan kimyasal gübrelerin uzun süreli kullanımı zamanla toprak kalitesini bozabilir.
Bu yan etkileri en aza indirmek için gübreler için önerilen uygulama oranlarına ve programlarına uymak, besin ihtiyaçlarını doğru bir şekilde belirlemek için toprak testleri yapmak ve besin maddelerini yavaşça serbest bırakan ve uzun vadeli toprak sağlığını destekleyen organik alternatifleri kullanmayı düşünmek önemlidir.