Gübrelerin çevre üzerinde hem olumlu hem de olumsuz etkileri olabilir. Bir yandan, artan nüfusun artan taleplerinin karşılanmasına yardımcı olarak mahsul verimini önemli ölçüde artırabilir ve gıda üretimini geliştirebilirler. Bu, özellikle besleyici gıdalara erişimin sınırlı olduğu gelişmekte olan ülkelerde önemlidir. Ek olarak gübreler, temel besin maddelerini yenileyerek ve sağlıklı bitki büyümesini teşvik ederek toprağın verimliliğini artırabilir.
Ancak aşırı veya yanlış gübre kullanımı çevre üzerinde zararlı etkilere neden olabilir. En büyük endişelerden biri tarım alanlarından kaynaklanan su kirliliğidir. Aşırı gübre uygulandığında, yağmur suyu veya sulama, bu kimyasalları yakındaki su kütlelerine sürükleyerek, oksijen seviyelerini tüketen ve sudaki yaşama zarar veren, alglerin ve su bitkilerinin aşırı büyümesi olan ötrofikasyona neden olabilir. Ayrıca bazı gübreler, üretim süreci sırasında buharlaştığında veya sera gazı olarak salındığında hava kirliliğine katkıda bulunan nitrojen bileşikleri içerir.
Bu olumsuz etkileri azaltmak için sorumlu gübre yönetimi uygulamalarının benimsenmesi çok önemlidir. Bu, akış ve sızıntıyı en aza indirmek için hassas uygulama yöntemleri ve zamanlamanın kullanılmasının yanı sıra besin maddelerini daha yavaş salan ve çevreye daha az zarar veren kompost veya gübre gibi organik alternatiflerin kullanılmasını içerir. Ayrıca, su kütlelerinin yakınındaki tampon bölgeler gibi koruma uygulamalarının uygulanması, fazla besin maddelerinin hassas ekosistemlere ulaşmadan önce filtrelenmesine yardımcı olabilir. Genel olarak gübrelerin faydalarından yararlanırken çevresel ayak izlerini en aza indirmek için dengeli bir yaklaşım gereklidir.