Toprağın pH seviyesi gübrelerin etkinliğinin belirlenmesinde çok önemli bir rol oynar. Toprağın pH seviyesi, temel besin maddelerinin bitkiler tarafından kullanılabilirliğini ve alımını etkiler. Farklı besinler, belirli pH seviyelerinde bitkiler için daha kolay elde edilebilir. Örneğin, düşük pH seviyesine sahip asitli topraklar, bitkilerin nitrojen, fosfor ve potasyum gibi belirli besin maddelerine erişmesini zorlaştırır. Bu gibi durumlarda, toprağın pH'ını dengelemeye ve besin kullanılabilirliğini artırmaya yardımcı olmak için daha yüksek asitli veya daha düşük pH seviyesine sahip gübreler önerilir.
Öte yandan, yüksek pH seviyesine sahip alkali topraklar da bitki büyümesi açısından zorluklar oluşturabilir. Alkali koşullarda demir, manganez ve çinko gibi bazı besinler bitkiler için daha az kullanılabilir hale gelir. Bu sorunu çözmek için, toprağı nötralize etmeye ve bitkiler tarafından besin emilimini artırmaya yardımcı olmak için daha yüksek alkaliniteye veya daha yüksek pH seviyesine sahip gübreler kullanılabilir. Bu nedenle toprağın pH seviyesinin anlaşılması, gerekli besin maddelerini bitkilerin kolayca erişebileceği bir biçimde sağlayabilecek uygun gübrenin seçilmesi açısından çok önemlidir.